El género Agave comprende alrededor de 200 especies, la mayoría endémicas de México, estas plantas tiene metabolismo creasulaceo, es decir, realizan fotosíntesis durante el día y transpiran por la noche para evitar la pérdida de agua. Durante toda la vida, los agaves acumulan como azucares de reserva a los las agavinas o fructanos (polímeros de fructosa) para el proceso de floración (7-12 años), una vez que esto sucede la planta muere. Una de las bebidas mas ancestrales de México elaboradas a partir de agave es el Pulque, elaborada a partir de especies como Agave salmiana, A. americana y A. potatorum entre otras, bebida viscosa con alto grado alcohólico, desde la época prehispánica los aztecas la elaboraban para ceremonias religiosas, fermentando de manera espontánea la sabia del agave, también conocida popularmente como aguamiel (jugo de agave colectado en el corazón de agaves maduros), bebida que actualmente se sigue elaborando en el altiplano central del país por culturas nahuas y otomíes. La microbiota de esta bebida ha sido estudiada principalmente por grupos de investigadores de la UAM y UNAM entre otros, cuyos microorganismos producen pectinasas (enzimas usadas para clarificar jugos de frutas), inulinasas (enzimas usadas para producir miel de agave) y enzimas del tipo glicosiltransferasas, tales como dextransacarsas, inulosacarasas, levansacarasas, enzimas usadas para sintetizar polisacáridos o biopolímeros constituidos de monosacáridos como monómeros, por ejemplo polímeros de glucosa o de fructosa, los cuales tienes propiedades prebióticas (activación de la flora benéfica intestinal con efectos positivos a la salud), o se pueden usar como biomateriales en el caso de levanos e inulinas microbianas.  

El agave también se emplea para producir bebidas alcohólicas destiladas tales como las bebidas tradicionales Tequila, Bacanora, Sotol, Raicilla y Mezcal (dependiendo de la región), todas ellas utilizan el mismo proceso para su elaboración, que comprende las etapas de jima (deshojado de las plantas para obtener las piñas o corazón), cocimiento, fermentación, destilación y en algunos casos un proceso de añejamiento en barricas de roble. Estas bebidas destiladas varían en cuanto al tipo de agave utilizado (alrededor de 20 especies a lo largo y ancho del país) y nivel de industrialización del proceso. Existe un debate en cuanto al origen de las bebidas destiladas de agave, ya que algunos historiadores afirman que las culturas prehispánicas ya conocían el proceso de destilación, mientras que otros documentan que esta práctica fue introducida por los españoles durante la conquiste en su intento de hacer brandy. Grupos de investigación de CIATEJ, UNAM, IPICYT, ITSON, Universidad de Guadalajara, Universidad Autónoma de San Luis Potosí, CIDIR-IPN entre otras, han estudiado la microbiota de la etapa de fermentación de estas bebidas, la cual puede ser espontanea o iniciadas por un inoculo (levaduras comerciales), se ha encontrado que los microorganismos de estas bebidas tienen diferentes propiedades, clasificadas como Saccharomyces y no-Saccharomyces, en las segundo grupo, las mas abundantes son levaduras del género Kluyveromyces, que son cepas muy interesantes, ya que tienen rendimientos de producción de alcohol similares a Saccharomyces, pero además pueden producirlo a partir de hexosas (glucosa, fructosa) y pentosas (xilosa y arabinosa), mientras que Saccharomyces solo puede producirlo naturalmente a partir de hexosas, las Kluyveromyces son también buenas productoras de aromas, tienen una excelente capacidad se secretar enzimas, entre ellas β-fructofuranosidasas (llamadas también, inulinasas o fructanasas), útiles para la hidrólisis de agavinas (fructanos de agave) para la obtención de miel de agave (jarabe fructosado), debido a que estas levaduras producen etanol y fructanasas, ha sido posible emplearlas en procesos de sacarificación/fermentación simultánea a partir de jugo de agave crudo o agavinas. Las Kluyveromyces y otras no-Saccharomyces del género Candida son productoras de enzimas xilosidasa y glicosidasas, las cuales rompen los enlaces glicosídicos de terpenos (moléculas responsables de aromas florales y frutales) unidos a polisacáridos de las paredes vegetales, razón por la que se les emplea para aumentar la calidad aromática de los vinos de uva.